Tatuaje típico de un miembro era la Prohibición de entrada para los miembros de la organización Durante el Período Edo, la figura del samurai era privilegiada dentro de la sociedad debido a su eficiencia militar y los servicios de seguridad que prestaban a la comunidad, a través de los daimyo, señores feudales; al final del período Edo, Japón inicia su era moderna y continúa unificándose en un solo gobierno, así que muchos samuráis eran despedidos porque resultaban inútiles a los nuevos destinos de la nación y se convertían en mercenarios ambulantes conocidos como ronin. Estos siguieron haciendo trabajos de manera independiente para sus jefes y la alta sociedad. Al cabo del tiempo se empezaron a organizar en bandas paramilitares que protegían regiones a cambio de comida y comodidades que proporcionaban la comunidad. Poco tiempo después terminan dominando los negocios ilegales de Japón.
A finales del Siglo XIX y al iniciarse el XX tenían el control de la prostitución, las apuestas, el contrabando, lavado de dinero, los espectáculos, la especulación de bienes inmobiliarios, la extorsión, y el tráfico de drogas, pornografía y armas. Además, después de la Segunda Guerra Mundial ciertas bandas de ideología ultraderechista comenzaron a operar y extorsionar dentro de grupos políticos.
Su organización se derivó de los códigos de los samuráis pero mucho más estructurados y fortalecidos; todo el clan se considera una familia donde se profesa la fidelidad absoluta a la banda, el ultranacionalismo, la obediencia al mayor rango y su estricto y brutal código de honor. Los novatos se adoctrinan a través del sistema Senpai-Kohai en el cual se especifica los procedimientos de castigo a la deslealtad como por ejemplo, la amputación de un dedo meñique para aquel miembro que cometa algún fallo grave o incurra en traición, dicha amputación sirve aún en la actualidad para reconocer a los miembros retirados o disidentes.
Los tatuajes dentro de la organización son muy importantes, revelan muchas veces el rango dentro de la organización, el clan al que se pertenece, el lema del clan, dragones de su mitología y samurais. Empieza como un tatuaje pequeño al que se le hacen adiciones y terminan cubriendo grandes partes del cuerpo; el tatuaje es uno de los rasgos físicos más característicos de la Yakuza.
En la actualidad está dividido en 3.000 clanes con un total de 100.000 en todo Japón, el más importante es el denominado Yamaguchi-gumi, el cual se estima en un tamaño de 40.000 miembros activos, considerándose el hampa más grande del mundo, no sólo por el número de miembros sino también por su poder económico. Son también importantes los clanes Sumiyoshi Rengo-Kai y Inagawa-kai que en conjunto con el clan Yamaguchi-gumi mueven alrededor de 15 mil millones de dólares anuales.
